Segons el mateix article 89, apartat 1, i l’exposició de motius de la Llei qualificada de la Justícia, el CSJ "com a òrgan de representació, govern i administració de l’organització judicial, vetlla per la independència i el bon funcionament de la justícia".
I. La missió de vetllar per la independència
La justícia, com a tercer poder, queda representada pel Consell Superior de la Justícia i, en particular, pel seu president en tots els actes públics. Protocol·làriament, el president del CSJA ha de rebre el tractament degut al tercer personatge de l’Estat. L’esmentada missió de vetllar per la independència de la Justícia implica dues vessants: la independència dels actes de justícia (1) i la independència dels membres de l’Administració de Justícia (2). 1) La independència dels actes de justícia Els actes de l’autoritat judicial gaudeixen d’un règim particular que els permet sostreure’s a la subjecció de qualsevol autoritat i, en particular, de l’autoritat política. L’autoritat de cosa jutjada confereix a les decisions judicials força de veritat legal. La tasca del CSJ és vetllar pel respecte d’aquest principi. 2) La independència dels membres de l’Administració de Justícia Quant als membres, el principi d'inamovibilitat dels magistrats queda consagrat en l’article 85 de la Constitució, així com en els articles 67 i 68 de la LQJ. La missió del CSJ és vetllar perquè no hi hagin interferències de cap tipus que puguin entorpir dit principi d'inamovibilitat.
II. La missió de vetllar pel bon funcionament de la justícia
Dita missió passa també pel què disposa l’article 89, apartat 3, de la Constitució: “El Consell Superior de la Justícia nomena els batlles i magistrats, exerceix sobre ells la funció disciplinària i promou les condicions perquè l’Administració de Justícia disposi dels mitjans adients per al seu bon funcionament.” Així doncs és el responsable de la gestió dels recursos humans (1), materials i financers (2) de l’Administració de Justícia. 1) La gestió dels recursos humans Aquesta funció inclou el reclutament dels batlles i magistrats de l’Administració de Justícia, és a dir la determinació dels llocs a proveir, amb l’ulterior selecció dels candidats, el seu nomenament i la presa de jurament. El CSJ també assumeix el control formal de l’activitat dels batlles, magistrats i altres funcionaris de l’Administració de Justícia i, en particular, el control disciplinari. D'ençà el primer de juliol del 2004, desprès de l'entrada en vigor de la Llei de la Funció Pública de l'Administració de Justícia, el CSJ disposa d'una regulació pròpia del seu règim de funció pública. D'aquesta manera, el CSJ impulsant el contingut de l'esmentada llei, disposa dels recursos humans que garanteixin la prestació del servei públic al ciutadà. 2) La gestió dels recursos materials i financers La gestió dels recursos materials de l’Administració de Justícia inclou la gestió dels mitjans purament materials, com són ara els locals, el mobiliari i equipaments diversos. La gestió dels recursos financers es pot desglossar en dues operacions: l’elaboració del pressupost general de l’Administració de Justícia i l'ulterior control de la correcta utilització dels mitjans financers que atorga cada jurisdicció.